COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-29 17:00:00 12.298707 12.298707 13.149217
2021-04-28 17:00:00 12.391568 12.391568 13.241809
2021-04-27 17:00:00 10.507393 10.507393 13.412976
2021-04-26 17:00:00 15.321249 15.321249 13.686538
2021-04-25 17:00:00 14.524942 14.524942 13.894094
2021-04-24 17:00:00 12.559996 12.559996 14.082019
2021-04-23 17:00:00 14.922159 14.922159 14.288767

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-29 17:00:00 11.524823 11.524823 9.364969
2021-04-28 17:00:00 9.757442 9.757442 9.360555
2021-04-27 17:00:00 4.684789 9.629844 9.466354
2021-04-26 17:00:00 10.874439 5.732861 9.341833
2021-04-25 17:00:00 9.265010 9.265010 9.613840
2021-04-24 17:00:00 7.298881 7.298881 9.776193
2021-04-23 17:00:00 9.421586 9.421586 10.006133

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-29 17:00:00 23.024523 23.024523 21.715215
2021-04-28 17:00:00 22.341697 22.341697 21.699047
2021-04-27 17:00:00 12.693935 23.413258 21.529719
2021-04-26 17:00:00 5.549390 18.091010 21.517423
2021-04-25 17:00:00 20.375000 20.375000 21.362952
2021-04-24 17:00:00 21.536351 21.536351 21.447126
2021-04-23 17:00:00 23.020706 23.020706 21.510873

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-29 17:00:00 12.643678 12.643678 13.925360
2021-04-28 17:00:00 13.941627 13.941627 13.838652
2021-04-27 17:00:00 12.332440 12.332440 13.861284
2021-04-26 17:00:00 11.419753 14.072304 13.894028
2021-04-25 17:00:00 19.032639 19.032639 13.933390
2021-04-24 17:00:00 16.253361 16.253361 13.930445
2021-04-23 17:00:00 15.605014 12.061908 13.966112

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-29 17:00:00 12.007981 12.007981 11.635586
2021-04-28 17:00:00 10.473107 10.473107 11.698734
2021-04-27 17:00:00 11.267798 11.267798 11.870812
2021-04-26 17:00:00 17.180381 12.414624 11.953585
2021-04-25 17:00:00 13.038892 13.038892 11.987480
2021-04-24 17:00:00 10.898651 10.898651 12.070786
2021-04-23 17:00:00 12.517474 12.517474 12.125788

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-29 17:00:00 20.936698 27.438341 27.907112
2021-04-28 17:00:00 16.508100 25.173566 27.226566
2021-04-27 17:00:00 23.136000 23.136000 27.280662
2021-04-26 17:00:00 35.670732 35.670732 27.707731
2021-04-25 17:00:00 30.981120 30.981120 28.109102
2021-04-24 17:00:00 25.665102 25.665102 28.250865
2021-04-23 17:00:00 30.812169 30.812169 28.888771

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-29 17:00:00 5.109139 11.311737 8.797706
2021-04-28 17:00:00 inf 5.791107 9.106453
2021-04-27 17:00:00 9.226190 9.226190 9.427882
2021-04-26 17:00:00 9.099181 5.170631 9.562558
2021-04-25 17:00:00 8.936377 8.936377 9.668354
2021-04-24 17:00:00 10.548087 10.548087 9.473474
2021-04-23 17:00:00 12.133072 12.133072 9.533733

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-29 17:00:00 5.380050 6.116507 6.159784
2021-04-28 17:00:00 5.860607 5.860607 6.210943
2021-04-27 17:00:00 5.114658 5.114658 6.177062
2021-04-26 17:00:00 12.294350 5.250831 6.151890
2021-04-25 17:00:00 7.483423 7.483423 6.158027
2021-04-24 17:00:00 6.786384 6.786384 6.216239
2021-04-23 17:00:00 7.096362 7.096362 6.293761

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-29 17:00:00 11.644101 11.644101 12.403250
2021-04-28 17:00:00 12.453532 12.453532 12.459828
2021-04-27 17:00:00 9.418403 9.418403 12.517690
2021-04-26 17:00:00 16.260163 16.260163 12.633213
2021-04-25 17:00:00 13.906057 13.906057 12.627510
2021-04-24 17:00:00 12.590253 12.590253 12.721539
2021-04-23 17:00:00 13.909774 13.909774 12.789383

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-29 17:00:00 13.010607 13.010607 14.056063
2021-04-28 17:00:00 13.163001 13.163001 14.094728
2021-04-27 17:00:00 10.014631 16.089978 14.041146
2021-04-26 17:00:00 11.082867 14.016191 14.357216
2021-04-25 17:00:00 13.492935 13.492935 14.665481
2021-04-24 17:00:00 14.036898 14.036898 15.176816
2021-04-23 17:00:00 15.063746 15.063746 15.777400

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-29 17:00:00 12.193191 12.193191 12.285852
2021-04-28 17:00:00 11.418816 11.418816 12.253175
2021-04-27 17:00:00 10.674964 10.674964 12.280611
2021-04-26 17:00:00 16.803279 12.665490 12.341498
2021-04-25 17:00:00 12.871287 12.871287 12.494123
2021-04-24 17:00:00 12.494558 12.494558 12.612787
2021-04-23 17:00:00 14.386584 14.386584 12.651829

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-29 17:00:00 7.047619 7.047619 5.581271
2021-04-28 17:00:00 2.790698 5.300353 5.520550
2021-04-27 17:00:00 0.967742 0.967742 5.449784
2021-04-26 17:00:00 4.747774 4.747774 5.416011
2021-04-25 17:00:00 3.892617 3.892617 5.507833
2021-04-24 17:00:00 10.132159 10.132159 5.566509
2021-04-23 17:00:00 3.356890 3.356890 5.703938

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-29 17:00:00 6.118881 6.118881 5.900610
2021-04-28 17:00:00 4.837431 4.837431 5.901819
2021-04-27 17:00:00 3.067093 4.072974 5.835384
2021-04-26 17:00:00 1.626016 5.657093 5.598380
2021-04-25 17:00:00 8.909574 8.909574 5.613256
2021-04-24 17:00:00 6.614447 6.614447 5.583426
2021-04-23 17:00:00 5.919854 5.919854 5.438339

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-29 17:00:00 37.634409 37.634409 37.997937
2021-04-28 17:00:00 42.272727 42.272727 38.659879
2021-04-27 17:00:00 31.560284 31.560284 37.994423
2021-04-26 17:00:00 15.533981 86.407767 37.712705
2021-04-25 17:00:00 30.536913 30.536913 37.636814
2021-04-24 17:00:00 25.597270 25.597270 37.153410
2021-04-23 17:00:00 37.065637 37.065637 37.672384

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-29 17:00:00 16.620669 16.620669 15.470912
2021-04-28 17:00:00 18.799493 18.799493 15.590141
2021-04-27 17:00:00 11.251687 11.251687 15.621026
2021-04-26 17:00:00 19.825480 9.180540 15.478862
2021-04-25 17:00:00 20.148331 20.148331 15.359134
2021-04-24 17:00:00 12.299625 12.299625 15.338035
2021-04-23 17:00:00 18.421053 18.421053 15.450638

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-29 17:00:00 38.212831 38.212831 37.759435
2021-04-28 17:00:00 32.871795 32.871795 38.294193
2021-04-27 17:00:00 23.208791 23.208791 38.531644
2021-04-26 17:00:00 17.427841 43.953233 37.783853
2021-04-25 17:00:00 50.376884 50.376884 37.910395
2021-04-24 17:00:00 35.154062 35.154062 38.280833
2021-04-23 17:00:00 59.243697 59.243697 38.348560

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-29 17:00:00 6.418605 6.418605 7.957941
2021-04-28 17:00:00 8.291457 8.291457 8.166972
2021-04-27 17:00:00 6.222639 6.222639 8.283391
2021-04-26 17:00:00 7.640068 8.442597 8.436737
2021-04-25 17:00:00 6.759907 9.220986 8.654330
2021-04-24 17:00:00 8.710562 8.710562 8.770521
2021-04-23 17:00:00 8.800264 8.800264 8.911049

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-29 17:00:00 10.397883 10.397883 11.019543
2021-04-28 17:00:00 10.914356 10.914356 11.204846
2021-04-27 17:00:00 9.838811 9.838811 11.333497
2021-04-26 17:00:00 13.981167 11.584309 11.577087
2021-04-25 17:00:00 16.541940 11.654858 11.670376
2021-04-24 17:00:00 12.196480 12.196480 11.804977
2021-04-23 17:00:00 9.869468 9.869468 11.976496

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-29 17:00:00 9.918914 9.918914 10.380133
2021-04-28 17:00:00 9.746835 9.746835 10.480705
2021-04-27 17:00:00 8.161351 10.819477 10.480476
2021-04-26 17:00:00 17.300469 9.021912 10.470737
2021-04-25 17:00:00 11.968918 11.968918 10.635319
2021-04-24 17:00:00 10.217968 10.217968 10.795304
2021-04-23 17:00:00 10.783787 10.783787 11.009687

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-29 17:00:00 21.534937 12.027491 13.059585
2021-04-28 17:00:00 11.251435 11.251435 13.277112
2021-04-27 17:00:00 9.846154 9.846154 13.344784
2021-04-26 17:00:00 21.739130 13.671875 13.581982
2021-04-25 17:00:00 17.706577 17.706577 13.894427
2021-04-24 17:00:00 13.671875 13.671875 14.011661
2021-04-23 17:00:00 20.120120 20.120120 14.357253

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-29 17:00:00 30.049261 30.049261 25.694688
2021-04-28 17:00:00 20.218579 20.218579 26.125673
2021-04-27 17:00:00 19.230769 19.230769 25.463509
2021-04-26 17:00:00 76.811594 30.813953 26.641021
2021-04-25 17:00:00 28.089888 28.089888 26.393086
2021-04-24 17:00:00 29.032258 29.032258 26.401246
2021-04-23 17:00:00 27.607362 27.607362 26.358164

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-29 17:00:00 24.993317 24.993317 25.678435
2021-04-28 17:00:00 24.503817 24.503817 26.087717
2021-04-27 17:00:00 21.131323 21.131323 25.845676
2021-04-26 17:00:00 19.822156 34.642460 26.340726
2021-04-25 17:00:00 26.621622 26.621622 26.311564
2021-04-24 17:00:00 14.898489 26.089281 26.301012
2021-04-23 17:00:00 73.352232 27.244012 26.165674

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 11.524823 11.524823 9.364969
Basilicata 23.024523 23.024523 21.715215
Calabria 12.643678 12.643678 13.925360
Campania 12.007981 12.007981 11.635586
Emilia-Romagna 20.936698 27.438341 27.907112
Friuli Venezia Giulia 5.109139 11.311737 8.797706
Lazio 5.380050 6.116507 6.159784
Liguria 11.644101 11.644101 12.403250
Lombardia 13.010607 13.010607 14.056063
Marche 12.193191 12.193191 12.285852
Molise 7.047619 7.047619 5.581271
P.A. Bolzano 6.118881 6.118881 5.900610
P.A. Trento 37.634409 37.634409 37.997937
Piemonte 16.620669 16.620669 15.470912
Puglia 38.212831 38.212831 37.759435
Sardegna 6.418605 6.418605 7.957941
Sicilia 10.397883 10.397883 11.019543
Toscana 9.918914 9.918914 10.380133
Umbria 21.534937 12.027491 13.059585
Valle d'Aosta 30.049261 30.049261 25.694688
Veneto 24.993317 24.993317 25.678435

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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